对于不孕者，尤其有上述临床表现的夫妇，一般要常规做衣原体和支原体检查，男性取精液、前列腺液或尿道分泌物，女性取白带或宫颈黏液、尿液检查。方法可用培养法、抗原、抗体检测等。
一旦确诊，最好夫妇同时用药治疗，暂时禁性生活，以截断互相传染的机会。并可根据药敏结果选择最敏感的抗生素。目前治疗上老药多选用多西环素(强力霉素)口服，首次剂量200毫克，以后每日2次，每次0.1克，连用7日。若输卵管急性炎症，则用氨苄青霉素2克肌注，每日1次，连用10日。国内现在多使用罗红霉素，每次用
0.15克，每日2次，连用
15~20日为一个疗程;或米诺环素(美满霉素)0.1克，每日2次;或使用奎诺酮类的环丙沙星0.25克，每日2次，共14日(此类药孕妇、儿童或肝肾功能不良者应慎用或禁用)。近年来尤以阿奇霉素(阿齐霉素)疗效最佳，用法是阿奇霉素一次顿服3片(1.5克)，或者头天晚上服2片(1克)，第二天早上服1片(0.5克)。若治疗非淋菌性尿道炎疗程要稍长。一个疗程结束后要复查上述检查，直至结果阴性。
有些不孕妇女在做腹腔镜检查时发现有慢性输卵管炎，输卵管积水等，若取其分泌物检查，相当一部分人是衣原体和支原体感染。对这些慢性衣原体和支原体感染，应用抗生素治疗效果比较差。而且由于有些输卵管的功能永久性地破坏，生育能力难以再恢复了。
